Скайп под линукс имеет одну неприятную особенность: постоянно при запуске показывает последние пропущенные звонки. Если их удалить нажав на "крестик", то при перезапуске они снова появляются.

Удалять их надо следующим образом: жмем ПКМ, и в выпадающем меню выбираем "удалить событие".